Στόχοι του Π.Μ.Σ. είναι η προαγωγή της επιστημονικής γνώσης και έρευνας του πεδίου της τοπικής ιστορίας και ο καταρτισμός των πτυχιούχων σε θεωρητικές και εφαρμοσμένες περιοχές συγκεκριμένων γνωστικών κλάδων της ιστορίας, της αρχαιολογίας, της ιστορίας της τέχνης, της λαογραφίας, της κοινωνικής ανθρωπολογίας, της βιολογικής ανθρωπολογίας, της δημογραφίας, της ανθρωπογεωγραφίας και της διδακτικής της ιστορίας.
Πιο συγκεκριμένα επιδιώκεται:
- η εξειδίκευση πτυχιούχων του Τμήματος Ιστορίας και Εθνολογίας του ΔΠΘ ή άλλων Τμημάτων στη χρήση διεπιστημονικών μεθόδων προσέγγισης των ιστορικών φαινομένων, με έμφαση στο τοπικό και περιφερειακό επίπεδο και η εμβάθυνση των γνώσεων που απέκτησαν σε προπτυχιακό επίπεδο,
- η σε βάθος κατάρτιση επιστημόνων, ώστε αυτοί να καταστούν ικανοί για την παραγωγή νέας γνώσης είτε μέσω της διεξαγωγής αυτοδύναμης έρευνας είτε μέσω της συνεργασίας τους με ερευνητικά ιδρύματα που δραστηριοποιούνται στον ελλαδικό ή το διεθνή χώρο,
- η εξειδίκευση διορισμένων ή αδιόριστων εκπαιδευτικών της Α/θμιας και Β/θμιας Εκπαίδευσης στην εφαρμογή διεπιστημονικών προσεγγίσεων για την αποτελεσματικότερη διεκπεραίωση προγραμμάτων τοπικής ιστορίας, περιβαλλοντικής εκπαίδευσης, πολιτιστικών θεμάτων και διαθεματικών προσεγγίσεων στο σχολείο.